Как и двухъярусные отстойники, эти биофильтры, эффективно работающие на крупных очистных сооружениях при непрерывном поступлении сточных вод, не дают должного эффекта при неравномерном поступлении стоков, имеющем место при канализации отдельно стоящих домов.
Предпринимаются попытки несколько изменить конструкцию крупногабаритных установок для очистных сооружений малой канализации. Поскольку применение насосов, часто используемых на крупных сооружениях, в данном случае исключается, биофильтр устраивают в резервуаре на большой глубине с тем, чтобы в него самотеком поступали сточные воды из отстойника. При этом непременно следует предусматривать предварительную механическую очистку путем удаления из сточных вод взвешенных веществ, так как в противном случае произойдет засорение фильтрующего слоя, состоящего из крупных обломочных пород.
Большую трудность представляет обеспечение притока воздуха, чего при наличии глубоких камер можно добиться лишь частично. Однако даже в том случае, когда путем конструктивных изменений в значительной степени удается обеспечить приток воздуха, непреодолимым препятствием в работе установки остается неравномерный приток сточных вод. Населяющие фильтрующий материал организмы должны постоянно находиться во влажной среде, поскольку это, по сути дела, те же живые организмы, которые участвуют в процессах самоочищения воды, совершающихся в водоемах. Если фильтрующий материал в значительной степени высыхает, что бывает при больших интервалах в поступлении сточной воды, то происходит гибель организмов, и очистка сточной воды становится невозможной. Это обстоятельство, а также существующая опасность засорения биофильтра илом заставляют отказаться от применения малых биофильтров.